تاريخ الإصدار:
صدرت اللعبة على جهاز Game Boy Advance عام 2003
ومن المخطط أن تصدر للWii U virtual console
القصة:
بعد هزيمته للنسخة المزيفة من X إفترق Zero عن Ciel و المقاومة ليجوب الصحراء بهدف تدمير أعدائه تبدأ اللعبة في عاصفة رملية تنتهي و يجد Zero نفسه ملاحقا من جنود Neo Arcadia يرمي Zero الوشاح الذي كان يرتديه ليظهر جسمه المصاب بالجروح و الكسر من كثرة القتال بعد قضاءه على الجنود و مواجهته لوحش ميكانيكي ينهار Zero و يغمى عليه من التعب و يجده Harpuia قائد الحراس الأربعة الذي أصبح الحاكم و المسؤول الجديد عن أمن Neo Arcadia و يضعه بالقرب من مركز المقاومة منتظرا خصمه ليستعيد قواه حتى ينتقم منه في مواجهة عادلة, يستيقظ Zero ليجد Cerveau قد قام بإصلاحه و Ciel قلقة عليه بعد أن يرتاح يجد أن المقاومة في مركز جديد و Ciel على وشك إيجاد طريقة لحل أزمة الطاقة التي سببت كل تلك الحروب على أمل أن يعم السلام, ثم يقابل Elpizo ريبلويد يقوم بقيادة المقاومة وثقت به Ciel ليكون القائد لكنه يتسرع في وضع خطة للهجوم على Neo Arcadia ظنا منه أن الحل الوحيد للمشكلة هو إستخدام القوة و بسبب هذه الخطة يموت عدد كبير من الريبلويدز ويقوم Zero بإنقاذ Elpizo الذي سيترك منصبه و يذهب باحثا عن القوة القصوى التي تمكنه من هزيمة أعدائه لذلك يبحث عن الDark Elf و هي أقوى Cyper Elf على الإطلاق كان إسمها الحقيقي هو الMother Elf لكن طاقتها الهائلة التي كانت منفذا للدمار كانت سبب تسميتها بالDark Elf و القوة التي تملكها تجعل الشخص الذي يحصل عليها لا يقهر, يكتشف Elpizo أن جسد X الأصلي يمنع أي شخص من إستخدام قوة الDark Elf لذا يذهب لقلب Neo Arcadia ليجد جسد X و يدمره يحاول Zero منعه و لكن بعد فوات الأوان و الخيار الوحيد أمام Zero هو مواجهة Elpizo.
الشخصيات الرئيسية في الجزء:
1- Elpizo: شخص مهتم بمظهره تم تعيينه من قبل Ciel ليمون قائدا للمقاومة في البداية يظن أن منصبه كبير عليه و لكنه لاحقا يشعر بأنه شخص مهم و يغتر بنفسه قائدا مجموعة من الريبلويدز إلى هلاكهم و قائدا نفسه إلى قوة لم يستطع أن يفهم مدى خطورتها.
2- Mother Elf(Dark Elf): أقوى Cyber Elf صنع على الإطلاق مهمتها كانت المساعدة على جلب السلام إلى الأرض ولكن بسبب لعنة ألقاها عالم شرير يدعى Dr.Weil تغيرت وظائفها و أصبحت برنامجا يستخدم للدمار الشامل.(الشخصية أيضا موجودة في الجزء الثالث من اللعبة)
الأسلحة الجديدة:
1- Chain Rod:
سلاح صنع من بقاية الرمح الذي صنعه Cerveau و هو عبارة عن سلاسل موصولة معا برابط من الطاقة السلاح يستخدم لسحب الأعداء نحوك او تجريدهم من دروعهم كما يستخدم للتعلق بالأسقف للوصول إلى اماكن معينة.
النهاية:
بعد أن يقوم Zero بهزيمة Elpizo تتحرر الDark Elf و تقوم بإنقاذ روح Elpizo قبل أن يدمر جسده يعتذر Elpizo عن حماقته و أنانيته و يذهب بعيدا الDark Elf تغادر المكان لكن على Zero أن يمسك بها لكي يحرص على أن لا تقع في الأيدي الخاطئة و تستمر Ciel بالعمل على مشروعها لحل أزمة الطاقة.